Les travaux de construction de l ‘église ont commencés au 1781 et furent terminés au janvier 1783. Sa structure est de type colonial pendant que sa façade est baroque. L’église se trouve dans une zone qui dans l’antiquité était occupée par les Mercedarios, dont son nom a été tiré. Elle a été démolie environ pour la moitié pendant la guerre civile du 1854 et fut incendiée par les hommes de William Walker qui avaient envahi le Nicaragua pendant la Guerre Nationale.