O Conselho Nacional tem papel fundamental na gestão do SESI, sendo responsável por estabelecer as diretrizes, coordenar as ações, programas e metas da entidade, além de aprovar e fiscalizar seus orçamentos e respectivas execuções, bem como as prestações de contas do Departamento Nacional e dos Departamentos Regionais. É formado por representantes das categorias econômicas da indústria, do governo e dos trabalhadores.