Το 1994 η Ένωση Εμπορικών Συλλόγων Ελλάδος ολοκληρώνει τον πιο σημαντικό κύκλο της συνδικαλιστικής ζωής της και δίνει την σκυτάλη σε ένα ανώτερο όργανο με μεγαλύτερο κύρος και δυνατότητες παρέμβασης, την Εθνική Συνομοσπονδία Ελληνικού Εμπορίου.

Η συγκρότηση του τριτοβάθμιου οργάνου είναι πλέον γεγονός.

Οι πρωτοβουλίες της ΕΣΕΕ προς την οικοδόμηση μιας μακροπρόθεσμης εμπορικής πολιτικής, από τον πρώτο κιόλας χρόνο λειτουργίας της, αναδεικνύει την ισχύ και την αποτελεσματικότητα της ΕΣΕΕ στο νέο περιβάλλον.

Η τριτοβάθμια οργάνωση του εμπορίου είναι πάντα παρούσα στα μεγάλα γεγονότα στο εσωτερικό της χώρας καθώς εκπροσωπεί τα ελληνικό εμπόριο ακόμα και σε κομβικές ευρωπαϊκές οργανώσεις. Η πλούσια δράση της δείχνει ότι η αντιμετώπιση των παλαιών προβλημάτων γινόταν με ένα βλέμμα στραμμένο προς το μέλλον.

Από τις πρώτες πρωτοβουλίες της ΕΣΕΕ το 1995 είναι το Κέντρο Ανάπτυξης Ελληνικού Εμπορίου, ως κέντρο επαγγελματικής κατάρτισης.

Σε ένα διαρκώς μεταβαλλόμενο περιβάλλον το οποίο σηματοδοτείται από σημαντικές εξελίξεις, με κορυφαία την ένταξη της χώρα στη ΟΝΕ, η ΕΣΕΕ πρωτοστατεί σε δράσεις ενημέρωσης και προετοιμασίας των εμπόρων για την είσοδο του ενιαίου νομίσματος ενώ παράλληλα ισχυροποιεί την θέση της στο κεντρικό πολιτικό διάλογο αυξάνοντας σταδιακά και σταθερά την αναγνωσιμότητα της.

Η ΕΣΕΕ από πολύ νωρίς αντιλαμβάνεται την ανάγκη της επιστημονικής τεκμηρίωσης των θέσεων της ενώ παράλληλα ξεκινάει τις προσπάθειες να καλύψει το επιστημονικό και βιβλιογραφικό κενό στην παρακολούθηση των εξελίξεων στο εμπορικό επιχειρηματικό περιβάλλον. Κατ αυτόν τον τρόπο, η πρώτη δημόσια παρουσίαση της Ετήσιας Έκθεσης Ελληνικού Εμπορίου για το έτος 2001 πραγματοποιείται τον Απρίλιο του 2002 στην Παλαιά Βουλή, παρουσία προσώπων του πολιτικού και επιχειρηματικού κόσμου της χώρας.

Η παρουσίαση της Έκθεσης στέφεται με απόλυτη επιτυχία, καλωσορίζεται ένθερμα από όλους τους κοινωνικούς εταίρους και την πολιτική εξουσία και συνεχίζει έως σήμερα αδιάλειπτα να αποτελεί θεσμό για το ελληνικό εμπόριο.

Τα χρόνια που ακολουθούν ενισχύουν τη θέση της ΕΣΕΕ σε όλο το φάσμα του κοινωνικοπολιτικού πεδίου, με τη συμμετοχή της ΕΣΕΕ σε όλους τους θεσμούς κοινωνικού διαλόγου για θέματα όπως απασχόληση, οικονομία, κοινωνική πολιτική.

Παράλληλα, η ανάγκη επιστημονικής υποστήριξης αναγνωρίζεται με τον πιο σαφή τρόπο το 2007 όπου ιδρύεται το Ινστιτούτου Εμπορίου και Υπηρεσιών. Εφ εξής, η Ετήσια Έκθεση Ελληνικού Εμπορίου αποτελεί κοινό πνευματικό τέκνο της ΕΣΕΕ και του ΙΝΕΜΥ.

Την ίδια περίοδο η ΕΣΕΕ καθιερώνει το 2005 τον εορτασμό της Ημέρας Ελληνικού Εμπορίου στις 21 Σεπτεμβρίου, με επίσημη τελετή στο Ζάππειο , ενώ το 2007 διεξάγεται Συνέδριο, το οποίο αναδεικνύει τον ρόλο του εμπορίου στο νέο περιβάλλον και την σημασία του για την απασχόληση και την βελτίωση της επιχειρηματικότητας.

Οι βάσεις έχουν δοθεί και η ΕΣΕΕ θέλει να στρέψει τη στρατηγική της φανερά πλέον στην κεφαλαιοποίηση της θέσης της για τη βελτίωση του εμπορικού περιβάλλοντος, όταν ξεκινά η οικονομική κρίση στη χώρα.

Πρόκειται για μία περίοδο που επηρεάζει έως σήμερα όλες τις εκφάνσεις του κοινωνικού και πολιτικού πεδίου άρα αναπόφευκτα θέτει ένα νέο πλαίσιο για τη δράση της ΕΣΕΕ.

Το έργο που ήδη επιτελείτο συνεχίζεται αμείωτο από το νεοϊδρυθέν ΙΝΕΜΥ. Μεγάλο όπλο της Συνομοσπονδίας σε αυτή την περίοδο είναι η διαρκής κατάθεση τεκμηριωμένων προτάσεων και αντιπροτάσεων σε όλους τους αρμόδιους φορείς λήψης αποφάσεων. Το ελληνικό εμπόριο αποδεικνύει μεγάλη υπευθυνότητα τοποθετούμενο επί του συνόλου των ζητημάτων με προτάσεις και υλικό τεκμηρίωσης που ενισχύουν την αξιοπιστία του ως θεσμικό συνομιλητή.

Πέρα όμως από τις προτάσεις η Συνομοσπονδία αποδεικνύει την ικανότητα της να οργανώνει και να πραγματοποιεί δυναμικές κινητοποιήσεις ενώ προσπαθεί στις νέες αντίξοες συνθήκες να παρέχει διαρκώς υπηρεσίες υποστήριξης και συμβουλευτικές σε συναδέλφους σε όλη τη χώρα.

Σε αυτή την πορεία, και μετά από 19 χρόνια από την ίδρυση της ΕΣΕΕ, τα όργανα διοίκησης επιδεικνύουν τη σοφία να διαπιστώσουν έγκαιρα την ανάγκη ανανέωσης του φορέα, αναδιοργανώνοντας την ΕΣΕΕ και εξορθολογίζοντας της εσωτερικής της λειτουργίας.

2014 Στο Συνέδριο στη Κυλλήνη τον Απρίλιο του 2014, το κορυφαίο όργανο εκπροσώπησης των εμπόρων ανοίγει εκείνη την τομή που οδηγεί την ΕΣΕΕ στην νέα εποχή, με το όνομα Ελληνική Συνομοσπονδία Εμπορίου και Επιχειρηματικότητας θέτοντας τις βάσεις για τα επόμενα χρόνια της λειτουργίας της.